Antara penentang yang paling lantang dan konsisten terhadap pemerintahan PKC dalam dekad yang lalu ialah pengamal Falun Gong . Falun Gong ialah satu amalan meditasi berasaskan qigong dengan falsafah moral berdasarkan tradisi Buddha. [31] Ia dipopularkan di China pada 1990-an, dan menjelang 1999, dianggarkan mempunyai 70 juta pengamal. [32] [33]

Sebahagian daripada kepimpinan PKC berhati-hati terhadap populariti kumpulan itu, kemerdekaan daripada negara dan falsafah kerohanian, dan dari 1996 hingga 1999, amalan itu telah menghadapi pelbagai peringkat gangguan daripada pihak berkuasa PKC dan Biro Keselamatan Awam serta kritikan dalam media yang dikendalikan oleh kerajaan. Pengamal Falun Gong bertindak balas terhadap kritikan media dengan memilih pejabat kerajaan atau media tempatan, dan selalunya berjaya mendapat penarikan balik. [34] Satu demonstrasi sedemikian pada April 1999 telah dipecahkan oleh pasukan keselamatan di Tianjin, dan beberapa dozen pengamal Falun Gong telah dipukul dan ditangkap. Sebagai tindak balas, pada 25 April Falun Gong menggerakkan demonstrasi terbesar di China sejak 1989, pengumpulan secara senyap di luar perkarangan kerajaan pusat Zhongnanhai untuk meminta pengiktirafan rasmi dan menamatkan gangguan yang semakin meningkat terhadap mereka. [35] Persetujuan telah dicapai selepas penemuan antaran Wakil Falun Gong dengan Perdana Menteri Zhu Rongji. [36] Setiausaha Agung Parti Jiang Zemin dilaporkan mengkritik Zhu kerana "terlalu lembut", tetapi juga mengarahkan untuk mengalahkan Falun Gong. [37] Pada 20 Julai 1999, kepimpinan PKC telah memulakan kempen untuk menghapuskan kumpulan itu melalui gabungan propaganda, pemenjaraan, penyeksaan, dan kaedah paksaan yang lain. [38] [39]

Dalam tindakan keras sepanjang dua tahun yang pertama, pengamal Falun Gong di China bertindak balas dengan mengemukakan petisyen kepada pejabat rayuan tempatan, wilayah dan kebangsaan. Usaha-usaha untuk membuat petisyen sering mendapat hukuman penjara, menyebabkan kumpulan itu beralih taktik kepada mengadakan demonstrasi setiap hari tanpa kekerasan di Dataran Tiananmen . [40] Demonstrasi ini, yang biasanya melibatkan pengamal yang memegang sepanduk atau mengadakan sit-in meditasi, telah dipecahkan, selalunya secara ganas, oleh ejen keselamatan. [41] Menjelang keakhiran 2001, sebahagian besar dari Falun Gong telah meninggalkan protes di Dataran Tiananmen, tetapi penentangan secara senyap terhadap kempen penganiayaan masih diteruskan. Walaupun kumpulan itu mendakwa tentang ketiadaan orientasi politik atau cita-cita, sejak 2004 secara aktif ia telah menyokong untuk menamatkan pemerintahan PKC. [42]